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그러나 태도는 종종 당파 간의 갈등 속에서 오해를 불러일으키기도 했고 남인과 서인의 격렬한 대립 구도 속에서 중립적인 자세를 취했던 그의 행보는 양쪽으로부터 비판을 받는 원인이 되기도 했어요. 1660년, 대사간에 임명되어 언론을 주관하게 되었고, 부정부패를 척결 하는데 앞장 섰어요. 그는 당시 외척 세력과의 유착을 비판하며 엄격한 관리 감찰을 주장 했고 민생 안정과 재정 건전화를 위한 정책들을 제안 했어요. 또한 조세 제도의 개선, 지방 관료의 부패 척결 등을 위해 실질적인 방안들을 상소로 올렸으며, 이는 백성들의 삶의 질 향상에 기여 했어요. 그의 노력은 사림과 백성들로부터 존경을 받는 계기가 되었어요.
홍우원은 학문적으로도 뛰어난 역량을 보였으며, 퇴계 이황과 율곡 이이의 학통을 잇는 성리학적 전통에 기반하여 정치적 실천과 유교적 도덕을 조화시키려 했어요. 그는 후학 양성에도 힘을 쏟아 많은 제자를 길렀으며, 그의 문하에서는 조선 후기 유학 발전에 중요한 인물들이 배출 되었어요. 또한 시문에 능하여 문장가로도 인정받았으며, 그의 문집은 후대에까지 전해져 당시 정치 상황과 유학자들의 사고방식을 이해 하는데 귀중한 자료가 되었어요.